即使以工程款抵扣罚金，企业仍须开具发票并纳税
台北市国家税务局已明确规定，承包工程的企业必须开具政府统一发票（GUI），并根据工程的全额付款申报营业税，即使他们用付款金额抵消了延迟罚款。
根据增值税法，销售额包括企业收到的所有商品或服务费用。企业必须向买方开具 GUI，并在规定时间内报税。对于基于项目的合同，必须根据合同价格为每一期开具发票，无论是否有任何延误或罚款扣除。
例如，如果 A 公司承包了 B 公司的水电项目，完工后的未清余额为 350 万新台币，但因延误被罚款 100 万新台币，因此收到的净付款将为 250 万新台币（350 万新台币减去 100 万新台币）。尽管如此，A 公司仍需开具 350 万新台币全额的 GUI，而不是 250 万新台币的抵消额，因为罚款和开具发票是两码事。
该局敦促企业审查其发票开具和纳税申报情况。如果漏开发票或少报销售金额，企业可在调查前主动更正申报并缴纳未缴税款。这有助于避免税收征管法第 48-1 条规定的处罚。
